Utvikling av TaqMan PCR-metode for å identifisere en fremmed art

Hoppekreps (kopepoder) er den viktigste gruppen av dyreplankton i våre farvann, og er av stor betydning for næringskjeden i havet siden de spiser planteplankton, og er selv en viktig næringskilde for en rekke forskjellige dyregrupper. De driver for det meste rundt med havstrømmene og er følsomme for miljøforandringer. Kunnskap om hvilke arter vi finner hvor kan derfor si noe om tilstanden i det marine miljøet og om dette er i endring. Det er behov for mer kunnskap om hoppekreps i Skagerrak og Nordsjøen, derfor er det viktig med gode metoder for å identifisere hvilke arter vi har her, og for å overvåke dem over tid.

Hoppekreps har tradisjonelt blitt identifisert morfologisk, det vil si at man bestemmer hvilken art det er ved å se på ytre kjennetegn som form, lengde på antenner, antall segmenter på kroppen osv. Mange arter er svært like og det kan derfor være vanskelige å bestemme med sikkerhet. De siste tiårene har man testet forskjellige metoder for å identifisere dem ved hjelp av DNA, såkalte molekylærgenetiske metoder. Man har funnet noen gen-sekvenser som er like innenfor en art, men hvor det er stor variasjon mellom arter. Ved å bruke denne delen av DNA-et i et individ man har funnet, kan man sammenligne med en database, og ut fra det bestemme hvilken art det er.

Som forskningsassistent har jeg fått arbeide sammen med Audun Slettan, førsteamanuensis ved institutt for naturvitenskaplige fag, med mål om å få publisert en vitenskapelig artikkel fra det jeg gjorde i masteroppgaven. Da arbeidet jeg for å finne en metode som kunne påvise ett bestemt gen (COI) hos hoppekrepsen Acartia tonsa. Dette er en art som egentlig ikke hører hjemme i våre farvann, men som dukket opp i en vannprøve for noen år siden ved Grimstad. Den er svært lik sine mer norske slektninger, og ved å finne en god metode for å påvise denne genetisk, kan man lettere påvise den i en vannprøve. Metoden kan derfor også brukes til å se om og eventuelt hvordan den sprer seg langs kysten vår. Metoden som ble utviklet var av typen TaqMan real time PCR. En beskrivelse av metoden og resultatene har vi nå skrevet om til en "Brief communication" sammen med Tone Falkenhaug, forsker ved Havforskningsinstituttet, og vi håper den blir publisert etter nyttår. Det har vært spennende og lærerikt å arbeide som forskningsassistent sammen med dyktige fagfolk, og jeg har fått innblikk i hvordan det er å arbeide som forsker.