Senteret for e-helse ledes per 2024 av en styringsgruppe bestående av dekanrådet fra de fire samarbeidende fakultetene. Fakultet for helse- og idrettvitenskap, fakultet for samfunnsvitenskap, fakultet for teknologi og realfag og fakultet for humaniora og pedagogikk. I perioden 2018-2023 var det også et samarbeid med Handelshøyskolen ved UiA .
Senteret har en faglig leder, en administrativ leder og administrativ støtte. Stillingen som faglig leder er ment å rotere mellom de ulike fakultetene som er involvert.
Alle de tre stillingene er av avgjørende betydning for at senteret skal opprettholde det høye aktivitetsnivået internt, lokalt, nasjonalt og internasjonalt.
Det fakultetet for helse- og idrettsvitenskap fungerer som vert for senteret og har administrativt ansvar, der organisatorisk ledelse faller inn under fakultetets ansvarsområde. Senteret har en kjernegruppe som består av senterets ledelse og en forsker fra hvert fakultet, samt en ekstern forsker. Disse forskerne fungerer som kontaktpersoner for andre forskere ved sine respektive fakulteter, som er tilknyttet senteret gjennom sine FoU-aktiviteter.
Noen stipendiater fra ulike fakultet er også tilknyttet senteret gjennom strategiske midler.
Senteret har også et fagråd for forskning og innovasjon innen e-helse.
