Universitetet i Agder ledes i den daglige driften av valgt rektor og tilsatt universitetsdirektør. Universitetsstyret er institusjonens øverste organ, med et flertall av medlemmene valgt av ansatte og studenter, og et mindretall eksterne medlemmer, utpekt av Kunnskapsdepartementet.

Universitetsstyret har et særlig ansvar for strategiutvikling og institusjonens økonomi, og har oppnevnt underutvalg som ivaretar avgrensede oppgaver på vegne av styret. Studieutvalget, læringsmiljøutvalget, forskningsutvalget, tilsettingsutvalget (vitenskapelige stillinger) og tilsettingsrådet (administrative stillinger) er slike utvalg. Klagenemnda er oppnevnt av universitetsstyret, men har etter Universitets- og høgskoleloven en uavhengig stilling, og skal behandle klager over enkeltvedtak og andre klagesaker for studentene.

Det er åtte til ti styremøter i året.
Styremøtene er åpne om ikke annet bestemmes av styret.