Universitetet i Agder er et statlig eid universitet, ledet av en valgt rektor og en universitetsdirektør. Rektor leder universitetsstyret, som består av ansattrepresentanter, studentrepresentanter og eksterne medlemmer. Universitetet har seks fakulteter og en avdeling for lærerutdanning, og en administrasjon som støtter opp om kjernevirksomheten.